蕁麻疹が起きる仕組みは大きくアレルギー性のものと、非アレルギー性のものに分けることができます。アレルギーの仕組みにも様々なものがありますが、蕁麻疹の原因として最も良く知られているのは「I型（即時型）アレルギー」と呼ばれる反応です。マスト細胞の表面にはIgEという蛋白質が結合しており、さらにここに様々な外来物質（抗原、またはアレルゲンと呼ばれるアレルギーの原因物質のこと）と結合するIgE分子が結合しています。IgEがどのアレルゲンと結合するかは、例えばあるIgEはエビ、あるIgEはソバという具合にIgE毎に決まっていて、これらのIgEを結合したマスト細胞の表面にエビやソバなどの成分（アレルゲン）が遭遇するとマスト細胞が活性化され、細胞の中に含まれている化学伝達が辺りに放出されて蕁麻疹反応が起こります。非アレルギー性の蕁麻疹では、マスト細胞がこれとは異なる仕組みで活性化されることにより起こります。ある種の抗生物質や痛み止めなどの薬はIgEを介さないでマスト細胞を活性化し得ることが知られています。

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