残念ながら、表皮水疱症を根本的に治癒させることができる根治的治療法はありません。ワセリンガーゼ、非固着性シリコンガーゼなどを用いて、その時々の症状を軽減するための対症療法を長期間継続的に行っていく必要があります。
　一般的な局所療法として、水疱やびらんなどを流水で洗浄したのち、ワセリンなどの軟膏を塗ります。水疱に対しては滅菌した注射針などで水疱に数か所穴を開け、内溶液を排出します。その際、水疱のふたは傷を守る働きがあるので、破らずに、軟膏を塗ったガーゼなどで保護した後、軽く圧迫固定します。抗生物質軟膏の長期間にわたる使用は耐性菌（抗生物質に対する抵抗性をもった菌）の出現の原因となりますので、注意が必要です。びらんや潰瘍の悪化が認められた場合は、真菌や細菌感染の合併や皮膚がんの出現などの可能性があります。このため、菌の培養検査や皮膚生検（皮膚の一部を取り、顕微鏡で見る検査）を施行する場合があります。
　平成22年度の診療報酬算定方法の一部改定に伴い、表皮水疱症患者さんが自宅で使用する包交材料費等を含む診療報酬が設けられ、患者さんの自己負担額が軽減されることになりました。その結果、創傷被覆材（ドレッシング材）や非固着性ガーゼといった通常のガーゼと比し高価な特定保険医療材料を使用することが比較的容易になりました。1時間以上かかることも珍しくない処置時間の短縮や包交材交換時の疼痛軽減に役立っています。ドレッシング材や非固着性ガーゼは多岐にわたるため、医療施設によって採用されている医療材料は様々です。どのような医療材料を処方してもらえるか主治医の先生に相談してみてください。