治療は外科的に切除するのが普通です。切除したあとは縫い合わせるのですが、大きなものでは皮膚はあまりよらないので、2回以上に分けて縫い合わせる方法もあります。
　また黒アザの皮膚の下にシリコンバッグを入れ、それを生理食塩水でふくらませて上部皮膚を伸ばす皮膚伸展術という方法があります。通常は2～3ヶ月ほど皮膚を膨らませた後に、バッグを除去し、黒アザを切除し、そこを縫い合わせます。皮膚伸展術により、皮膚がよらないような大きな黒アザも縫い合わせることができるようになります。
　他には、黒アザを切除した欠損部に太ももやお尻の皮膚を切除して植える植皮術という方法もありますが、この場合は正常な太ももやお尻などにも傷跡が残ってしまいます。いずれにせよ手術療法は傷跡を残すという欠点があります。
　もう一つの方法はレーザー治療で、黒アザの治療に使われるのはQスイッチ・レーザーです。このレーザーは色を持っている細胞だけを選択的に破壊するので、肌に傷を残すことはほとんどありません。しかし、色を持っている細胞が皮膚の深いところまで多数存在すると、何回もレーザー治療を繰り返さなければならず、生まれつきある黒アザでは数十回も治療を繰り返すことも稀ではありません。そこで、Qスイッチ・レーザーのような超短パルスレーザーではなく、パルス幅が長いレーザー（ロングパルスレーザー）で治療することもあります。ただしロングパルスレーザーは早く色を薄くしますが、レーザー照射による傷跡は目立つようになります。またQスイッチ・レーザーでも何回もレーザー治療を繰り返すと、黒アザばかりでなく、本来持っている皮膚の色も抜け、色が白くなることがあります。
　また稀ではありますが、黒アザからホクロの癌（黒色腫）が生ずることがあります。手術療法は黒アザを全部取ってしまうので、そこから黒色腫が生ずることはありませんが、レーザー治療の場合は、色を薄くするだけなので、黒色腫になる可能性は依然として残ります。
　以上を簡単にまとめると、癌化を心配するのであれば手術療法、美容面を優先するならレーザー療法ということになります。