薬を内服して発疹が出た場合にはすぐ薬疹と考えたくなりますが、これは正しくありません。大体薬は具合が悪い時、とくにウイルス感染がある患者さんが内服する場合が殆どなので、薬疹かウイルス感染かの区別が難しい事が多いのです。つまり、ウイルス感染の一つの症状として発疹が出てくる場合、例えば麻疹（ハシカ）のように最初熱が出て、それから発疹が出てくるようなウイルス感染の場合には、ウイルス感染を疑わなければ薬疹と間違って診断されることになります。そのため薬疹と診断するには、薬を内服し始めてから発疹の出現するまでの経過が重要です。新しい薬を飲み始めて1～2週間で出てくる場合には（アレルギー性）薬疹を疑うことになります。薬を中止して発疹が良くなってくる場合には、ますます薬疹の可能性が強くなります。しかし、まだこれだけでは薬疹の診断には十分と言えません。先程述べたウイルス感染の場合でも、自然に発疹が良くなってくるからです。血液検査で白血球のうちの好酸球が増えている場合には、薬疹の可能性が高くなりますが、決定的とは言えません。
　次以降に述べるような様々な方法を駆使して診断するわけですが、正確に診断するのは専門家でも難しい場合もあります。