HSVは初感染後に知覚神経節の神経細胞核中に遺伝子の形で潜伏し、発熱、紫外線、性交、歯科治療などの刺激やストレスや悪性腫瘍合併を含めた細胞性免疫の低下などで潜伏ウイルスが増殖してHSV-1は主に上半身に、HSV-2は下半身に発症します。一般にHSV-2の方がHSV-1よりも再発頻度が高いのですが、同じHSV-2に感染していても月に数回再発する人と数年に1回しか再発しない人がいます。潜伏しているウイルス量によるとされていますが、その他に免疫能力やウイルスの株の差によるとの考えもあります。ヘルペスの症状がみられずにウイルスのみを性器に排泄（無症候性ウイルス排泄）することが、初感染後1年以内で多くみられます。