現在、発売されている抗ウイルス薬はウイルスの増殖を抑えるだけで、神経の中に入り込んだ（潜伏した）ウイルスDNAを取り除く事は出来ません。従って、年6回以上再発を繰り返す患者は、抑制療法といって一定量の抗ウイルス薬を毎日内服し続ける方法が、承認されました。方法はバラシクロビル1日1回500mgを毎日内服します。約1年間継続し、中断後再発が2回観察された場合さらに継続するかを検討します。抑制療法中に再発した場合、通常の治療法すなわち1回500mgを1日2回5日間内服し、その後1日1回に戻します。抑制療法を行っても再発頻度が減少しない場合には1回250mgを1日2回または1回1000mgを1日1回にします。これでも再発をする場合、診断が正しいかどうかまたはバラシクロビルに耐性が出来ているかどうかを調べてもらいましょう。
　また、再発頻度が少なく、誘因や再発の前徴が明らかな患者さんは、予め抗ウイルス薬を手元に持っておき、その様なときにのみに内服すると再発を免れることが出来ます。
　一般に単純疱疹は、徐々にその間隔は長くなり、やがては再発しなくなると思われます。しかし、細胞性免疫機能の低下、特にHSV特異的suppressorT（CD8陽性）細胞数の低下から頻回に再発するようになることもあります。