頭部や眉毛部など、有毛部に生じた限局性強皮症では脱毛を伴うことが多いです。この脱毛は瘢痕性脱毛と言い、毛を作る細胞が破壊されてしまうことが原因のため、一度毛が抜けてしまうと永久脱毛となり、治療しても毛は生えてきません。なお、治療により脱毛斑からまばらに発毛がみられることがありますが、これは破壊されずに残った毛を作る細胞が機能を回復したことによる発毛と考えられます。ですので、有毛部に生じた病変に活動性がある場合、脱毛を進行させないために可能な限り早く治療を開始する必要があります。