全身性強皮症はいわゆる遺伝病ではなく、遺伝はしません。しかし、全身性強皮症にかかりやすいかどうかを決定する遺伝子（疾患感受性遺伝子といいます）は存在すると考えられています。これら疾患感受性遺伝子は一個ではなく、多数存在し、その一つだけをもっていても全身性強皮症にはなりません。多数ある疾患感受性遺伝子のセットを一人の人が、たまたまもっていると全身性強皮症になりやすいと考えられますが、それでもまだまだ不十分です。これら疾患感受性遺伝子よりもむしろ、生まれてからの環境の方が全身性強皮症の発症に重要と考えられています。生まれてからの環境の中で、何が重要かは未だ分かっていませんが、例えば、ある種のウイルスや細菌などに感染したことなどが関係している可能性も考えられています。